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影片设定在《阿凡达》的剧情落幕十余年后，讲述了萨利一家（杰克、奈蒂莉和孩子们）的故事：危机未曾消散，一家人拼尽全力彼此守护、奋力求生，并历经艰险磨难。 　　杰克和奈蒂莉组建了家庭，他们的孩子也逐渐成长，为这个家庭带来了许多欢乐。然而危机未曾消散，萨利一家拼尽全力彼此守护、奋力求生，最终来到潘多拉星球临海的岛礁族寻求庇护。岛礁族首领特诺瓦里与罗娜尔为萨利一家提供了庇护所，这个部族的成员都是天生的潜水好手，也和海洋中的各种生物建立了密切联系。

在安迪和维姬还在上大学的时候，他们为了赚钱参与了一次实验，服用了一种叫做Lot－6的化学品他们结了婚，现在已经拥有了一个9岁的女儿莎林。莎林有一种特异功能，她可以靠自己的意念点燃东西，这可能要归因于安迪和维姬曾经参与的那次实验，同时，安迪也拥有了某种超能力，可以让人们做他希望人做的事情。那次实验的操作者是一个秘密的政府部门，代号为“商店”，执行人是约瑟夫博士，他开始派人追查两个人的下落，并且派出了一个狙击手，要杀掉两人。而他们没有预料到的是，安迪和维姬拥有的超能力可以帮助他们摆脱追捕，一场大战即将上演。

15 岁的 Lera Arabova 和她的家人住在符拉迪沃斯托克市。莱拉的父亲已经在“米拉”空间站工作多年。他很久之前便与女儿失去了联系，现在只是手机里的一个声音。在这座城市被彗星的碎片夷为平地之后，莱拉只有一次机会将她的亲人和整个符拉迪沃斯托克从另一场灾难中拯救出来。Lera 的父亲从空中监视她的一举一动，通过卫星系统和电话引导她完成这场艰巨的救援行动。

十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒（安迪·瑟金斯 Andy Serkis 饰）带领猩猩伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猩猩的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆（杰森·克拉科 Jason Clarke 饰）试图说服聚集地负责人德里弗斯（加里·奥德曼 Gary Oldman 饰），希望通过和平手段取得猩猩部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科巴（托比·凯贝尔 Toby Kebbell 饰）却无法摒除对人类的憎恨，他尝试着挑战者凯撒的权威。　　人类和猩猩，双方小心翼翼试探，而战争在所难免……